Eclipseのdiffで空白・改行コードの違いを無視するようにする

[ウィンドウ]>[設定]で設定画面を開いて、[一般]>[比較/パッチ]の[一般]タブの3行目「空白を無視」にチェックを入れる。
これで改行コードの違いも無視される*1。

参考:比較エディタで空白無視 - 人類みんなごくつぶし

*1:ディレクトリごと比較した場合は無視されずにファイル一覧に出てくる。